Me parece un aporte muy completo, sobre todo por el recorrido filosófico que haces con autores como Aristóteles y Kant. Con respecto al caso hipotético que planteas, comparto mi postura sobre tus tres interrogantes:
Sobre la obligación de devolverlo: Aunque la falla inicial fue del administrador, la ética kantiana que mencionas sobre el "deber" y la universalidad aplica claro aquí. Aunque no existiera una sanción legal o formal inmediata, desde la ética sí existe una obligación moral de devolverlo, ya que quedarse con algo que no le pertenece por un error ajeno vulnera la honestidad y el principio de no hacer al otro lo que no te gustaría que te hicieran.
Sobre el peso de la responsabilidad: Hay dos tipos de responsabilidad en juego. El encargado de administración tiene la responsabilidad operativa y profesional por el descuido en el proceso. Sin embargo, una vez detectado el error, la responsabilidad ética y del acto se traslada al empleado, quien tiene en sus manos la decisión consciente de restituir el equilibrio o sacar provecho del fallo ajeno.
Sobre la moral del trabajador: Que la escala de valores del trabajador no reconozca la falta no hace que la acción sea correcta. Ahí justamente entra la diferencia entre moral (la percepción subjetiva o cultural de lo que para él está bien) y ética (el análisis objetivo e imparcial sobre el acto). Retener un dinero no devengado afecta el bien común y vulnera la confianza colectiva, por lo que éticamente sigue siendo una acción incorrecta, independientemente de cómo se justifique individualmente.